微波殺菌設備能夠很大程度的保持食品物料的營養成分，殺菌效果顯著，可以使食品不添加防腐劑而延長保存期。微波殺菌技術的優勢逐漸受到人們的中式，應用也遍及糧油制品、調味品、禽肉制品、豆制品和奶制品、果蔬殺菌保鮮、水產品等方面。

      一般制品的貨架期都比較短，因其含有大量的營養物質，易滋生細菌而腐敗變壞。一般的常規加熱殺菌中，食品內部的細菌很難被殺死，從而導致其貨架期變短且品質下降。微波殺菌設備具有極強的穿透性，能將制品表面和內部的細菌殺死，而使其保鮮期增加數倍。

    微波殺菌技術在果汁保鮮方面的應用主要有兩個作用：殺菌和滅酶，由于細菌作用會使果汁很快失去營養價值和市場價值。若采用熱力殺菌方法，產品經過高溫長時間處理后，其風味和口感變差。利用微波殺菌在短時間內既可以殺死細菌同時還可以使酶失活，并且保持了果汁的價值。

     肉制品的殺菌一般采用高溫高壓殺菌，殺菌時間長，能耗大，營養成分和風味物質損失大，而利用微波殺菌不僅速度快，效果好，而且能較好地解決軟包裝肉制品的殺菌問題。